Το Ναυτοδικείο Πειραιώς, το παλαιότερο των Ναυτοδικείων, ιδρύθηκε (ως διαρκές) με το νόμο ΧΝΘ της 5-8-1861 (ΦΕΚ 46/26-8-1861) «περί ναυτικής ποινικής νομοθεσίας» με έδρα την ευρισκόμενη επί της διασταυρώσεως των οδών Αλκιβιάδου και Φιλελλήνων, οικία της χήρας του Νικολάου Μιαούλη (γιού του Υδραίου αγωνιστή του 1821 Ναυάρχου  Ανδρέα Μιαούλη).

Στο χώρο αυτό παρέμεινε μέχρι το 1925 οπότε μεταφέρθηκε στη σημερινή έδρα του στο, επί της ακτής Τρύφωνος Μουτσοπούλου 66^Α, κτίριο όπου μέχρι σήμερα λειτουργεί.

Το κτίριο αποτελεί τμήμα του ευρύτερου χώρου στον οποίο ιδρύθηκε το 1902 από τη βασίλισσα Όλγα το Ρωσικό νοσοκομείο Πειραιά και το οποίο, αφού στις 25-3-1924 περιήλθε στην αρμοδιότητα του Υπουργείο Ναυτικών, από την 9-11-1925 μετατράπηκε σε νοσοκομείο του ελληνικού Πολεμικού Ναυτικού (ναυτικό νοσοκομείο Πειραιά) που λειτουργεί μέχρι σήμερα.

Το κτίριο αυτό από το 1987 έχει χαρακτηριστεί ως διατηρητέο γιατί παρουσιάζει ιδιαίτερο μορφολογικό αρχιτεκτονικό ενδιαφέρον και συμβάλλει στη διατήρηση του πολεοδομικού ιστού του παραδοσιακού τμήματος του Πειραιά.